Công đoàn bộ phận Viện CNSH&MT, được thành lập tiền thân là Trung tâm CNSH&MT kết hợp với Bộ môn CNSH tách ra thanh Công đoàn bộ phận vào tháng 5 năm 2008, cùng với việc thành lập Viện CNSH&MT - Trường Đại học Nha Trang. Công đoàn bộ phận Viện CNSH&MT trực thuộc Công đoàn Trường Đại học Nha trang.

I. Chức năng, nhiệm vụ

1. Tuyên truyền đường lối, chủ trương của Đảng, Chính sách, Pháp luật của Nhà nước và nhiệm vụ của tổ chức Công đoàn. Giáo dục nâng cao trình độ chính trị, văn hoá, pháp luật, khoa học kỹ thuật, chuyên môn, nghiệp vụ cho cán bộ viên chức và người lao động trong Viện.
2. Kiểm tra, giám sát việc thi hành các chế độ, chính sách, pháp luật, bảo đảm việc thực hiện quyền lợi của đoàn viên, cán bộ, công chức, viên chức và người lao động. Đấu tranh ngăn chặn tiêu cực, tham nhũng và các tệ nạn xã hội. Phát hiện và tham gia giải quyết khiếu nại, tố cáo, giải quyết các tranh chấp lao động và thực hiện các quyền của công đoàn bộ phận theo quy định của pháp luật.
3. Phối hợp với Ban lãnh đạo Viện tổ chức thực hiện Quy chế dân chủ, tổ chức hội nghị CNVC trong Viện; cử đại diện tham gia các hội đồng xét và giải quyết các quyền lợi của đoàn viên, cán bộ, công chức, viên chức và người lao động. Cùng với Ban lãnh đạo Viện cải thiện điều kiện làm việc, chăm lo đời sống của cán bộ viên chức và người lao động, tổ chức các hoạt động xã hội, từ thiện trong cán bộ viên chức và người lao động.
4. Tổ chức vận động cán bộ viên chức và người lao động trong khoa thi đua yêu nước, thực hiện nghĩa vụ của cán bộ, công chức, viên chức, người lao động, cải tiến lề lối làm việc và thủ tục hành chính nhằm nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác.
5. Phát triển đoàn viên, xây dựng công đoàn cơ sở vững mạnh. 

II. Cơ cấu tổ chức

Công đoàn bộ phận Viện Công nghệ sinh học gồm có 33 đoàn viên ở 3 tổ công đoàn:

1. Tổ công đoàn bộ môn Sinh học
2. Tổ công đoàn bộ môn Công nghệ Sinh học
3. Tổ công đoàn bộ môn Kỹ thuật Môi trường

III. Nhân sự Ban chấp hành

Ban chấp hành Công đoàn Viện CNSH&MT nhiệm kỳ 2023 – 2028 gồm:

1. Chủ tịch: Nguyễn Thanh Sơn
2. Uỷ viên:  Phạm Thị Mai
3. Ủy viên: Nguyễn Đắc Kiên

Và các tổ trưởng công đoàn:

- Tổ công đoàn BM Sinh học:  Phạm Thị Mai

- Tổ công đoàn BM Công nghệ Sinh học: Phạm Thị Lan

- Tổ công đoàn BM Kỹ thuật Môi trường: Trần Thanh Thư

Công đoàn viên CNSH&MT luôn tích cực tham gia các hoat động phong trào của nha trường như hội thao, văn nghệ, thời trang mừng các ngày lê kỷ niệm. Bên cạnh đó, công đoàn luôn quan tâm đên tâm tư, nguyện vọng cán bộ, GV của viện, động viên kịp thời, thăm hỏi hỗ trợ khi cán bộ viên chức ốm đau, sinh nở.