Bộ môn Công CNSH được thành lập năm 2002, trực thuộc Khoa Công nghệ chế biến, Trường Đại học Thủy sản. Theo xu hướng phát triển của Đại học đa ngành, năm 2006 trường đổi tên thành Đại học Nha Trang. 
      Năm 2008, BM chuyển về Viện CNSH & MT – Trường Đại học Nha Trang.
     Năm 2013, theo sự phát triển ngày càng lớn mạnh của Viện và Nhà Trường, Bộ môn Công nghệ Sinh học được tách thành 2 BM là Sinh học  và Công nghệ sinh học. Đến nay, sau hơn 10 năm thành lập và phát triển, Bộ môn đã có những đóng góp to lớn cho sự phát triển của Viện và Trường trong đào tạo và NCKH về CNSH.