Bộ môn Công nghệ kỹ thuật môi trường ,trực thuộc Viện Công nghệ Sinh học - Môi trường, được thành lập theo Quyết định số 221/QĐ-ĐHNT ngày 06 tháng 03 năm 2008.

   Nhiệm vụ chính của Bộ môn là đào tạo kỹ sư chuyên ngành Công nghệ kỹ thuật môi trường có đủ kiến thức, kỹ năng nghề nghiệp, phẩm chất chính trị, đạo đức, tác phong nghề nghiệp và sức khỏe để có thể làm việc hiệu quả trong các lĩnh vực chuyên môn có liên quan đến môi trường nhằm đáp ứng được yêu cầu phát triển kinh tế xã hội của khu vực Nam trung bộ và cả nước.

   Mục tiêu chính của ngành Công nghệ kỹ thuật môi trường là trang bị cho Sinh viên nền tảng kiến thức vững chắc về môi trường, xử lý các vấn đề về ô nhiễm môi trường đất, nước, không khí và rủi ro môi trường, các phương pháp phân tích và đánh giá tác động môi trường, các biện pháp xử lý và quản lý môi trường. 

   Sinh viên sau khi tốt nghiệp ngành Công nghệ kỹ thuật môi trường có thể đảm nhận các công việc tại các Trường đại học, các Viện nghiên cứu, các Trung tâm, Trạm quan trắc trong lĩnh vực môi trường, hoặc có thể làm việc tại các Sở, Ngành, Phòng ban, Bộ phận chức năng có liên quan đến môi trường. Ngoài ra, sinh viên có thể làm việc ở các công ty đánh giá tác động môi trường, tư vấn, thiết kế, vận hành các hệ thống xử lý môi trường hoặc trong các bộ phận HSE, ISO.

    Song song với nhiệm vụ đào tạo, Bộ môn thực hiện nghiên cứu khoa học trông các lĩnh vực liên quan đến môi trường.