Viện CNSH&MT hoạt động theo mô hình đào tạo đại học, sau đại học và nghiên cứu khoa học. Hiện nay Viện đang sử dụng các Phòng Thí nghiệm thuộc Khu Công nghệ cao của TRung tâm Thí nghiệm thực hành, Trường Đại học Nha Trang bao gồm
Phòng Thí nghiệm Sinh Học phân tử: Tiến hành các thí nghiệm chuyên sâu về Di truyền nhằm nghiên cứu đa dạng sinh học, miến dịch và bệnh học
Phòng Thí nghiệm Vi sinh: Tiến hành các nghiên cứu về Công nghệ vi sinh, miễn dịch và y dược
Phòng Thí nghiệm Nuôi cấy mô: Tiến hành các thí nghiệm Nuôi cấy mô thực vật và nấm
Phòng Thí nghiệm Vật liệu mới: Tiến hành các nghiên cứu về vật liệu mới và các hoạt chất sinh học biển
Phòng thí nghiệm Môi trường: Tiến hành các nghiên cứu về xử lý môi trường.
Ngoài ra, nhóm nghiên cứu Công nghệ Nông nghiệp còn quản lý vườn ươm thực vật và tiến hành các nghiên cứu về chọn giống hoa và cây cảnh nuôi cấy mô.
